各ユーザディレクトリ内にて、cgi-bin ディレクトリ内だけでcgiが動くようにする場合は、ScriptAlias で定義しない(出来ない?)ので、以下のようにする:
# vi /etc/apache2/mods-available/userdir.conf
<IfModule mod_userdir.c>
UserDir public_html
UserDir disabled root
<Directory /home/*/public_html> # ← 各ユーザの ${HOME}/public_html が公開ディレクトリになる
AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit Indexes
Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec
<Limit GET POST OPTIONS>
Order allow,deny
Allow from all
</Limit>
<LimitExcept GET POST OPTIONS>
Order deny,allow
Deny from all
</LimitExcept>
</Directory>
# ↓以下3行を追記する
<Directory /home/*/public_html/cgi-bin>
Options +ExecCGI
</Directory>
</IfModule>